Os departamentos da Convenção Batista Nacional do Estado de São Paulo são braços de apoio e suporte para públicos específicos: homens, mulheres, jovens, crianças e pastores. Através deles cada membro, em cada Igreja Batista Nacional no Estado de São Paulo, é alcançado de alguma forma com um congresso, treinamento ou cuidado.

As campanhas missionárias também são organizadas, divulgadas e coordenadas por um braço da CBN-SP que alcança cada igreja, a Secretaria de Missões. Assim, se quiser, cada Batista Nacional pode ter participação no Evangelho que é levado até outra nação, em uma congregação que é plantada ou igreja revitalizada em São Paulo.

Por trás de cada congresso ou evento realizado, há a figura da CBN-SP Ministérios um braço da CBN-SP, cujo diretor é o pastor Orivaldo Costa Jr, e que coordena e auxilia os departamentos na organização. Além de mais eficiência administrativa, a CBN-SP pode oferecer excelência e edificação aos Batistas Nacionais paulistas.

As Associações Batistas Nacionais (ABN's) são o primeiro elo de ligação entre cada Igreja Batista Nacional e a CBN-SP. É através delas que alcançamos, conhecemos e damos suporte ao pastor e, também, apoiamos as igrejas em suas necessidades. 

Hoje, são 13 ABN's divididas em 03 setores no Estado de São Paulo, de acordo com a proximidade geográfica:

1. ABN GuaruNorte - Igrejas Batistas Nacionais da zona norte de São Paulo e Guarulhos | Setor 01;

2. ABN CentroSul - Igrejas Batistas Nacionais no centro, zona sul de São Paulo e municípios do Litoral Sul e da grande São Paulo | Setor 01;

3. ABN Leste - Igrejas Batistas Nacionais da zona leste de São Paulo e municípios da grande São Paulo | Setor 01;

4. ABN Oeste - Igrejas Batistas Nacionais da zona oeste de São Paulo e municípios da grande São Paulo | Setor 01;

5. ABN Campinas - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Campinas | Setor 01;

6. ABN AssociaVale- Igrejas Batistas Nacionais dos municípios no Vale do Paraíba e Litoral Norte de SP | Setor 01;

7. ABN ABC - Igrejas Batistas Nacionais das cidades da região do ABC Paulista | Setor 01;

8. ABN Rio Claro - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Rio Claro | Setor 02;

9. ABN Alta Mogiana - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Ribeirão Preto | Setor 02;

10. ABN Noroeste Paulista - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Bauru | Setor 02;

11. ABN Centro Interior - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no centro do estado de São Paulo | Setor 02;

12. ABN Alta Noroeste - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Presidente Prudente | Setor 03;

13. ABN Araçá Paulista - Igrejas Batistas Nacionais das cidades no entorno de Araçatuba | Setor 03.